У 1701 році за указом Петра I в Москві були знищені постачали багатьох москвичів ліками зелейние лавки і лави, але натомість було збільшено число аптек. До кінця царювання Петра в ній було три казенних і сім приватних аптек - більше, ніж в будь-якому іншому місті Росії, включаючи Санкт-Петербург.
Початок аптекарській справі в Москві поклав Іван Грозний: в 1581 році в Кремлі з'явилася Верхня государева аптека, яка обслуговувала царську сім'ю. Але вже за Михайла Федоровича Романова ліки ми з цієї аптеки могли користуватися і дворяни з оточення царя, а також прикази служителі. Все більше заготовлених аптекою ліків прямувало на потреби армії.
А в 1672 році в столиці з'явилася і Нижня аптека з приміщеннями в Китай-місті, в Білому місті і в Новому аптекарському дворі. В її функції входили закупівлі, заготівлі, зберігання лікарських засобів, постачання їх скарбниці і в той же час "вільна продаж медикаментів різних чинів людям" за рецептами лікарів. У Новому аптекарському дворі були і "дохтурскіх палата", де доктор вів прийом хворих, "лікарська продажна палата", "алхімічна намет з печами для приготування аптекарського масла" та інших ліків, "намет спиртової віддачі", сушило для збереження лікарських трав, комору з запасом аптекарської посуду і житлові палати для сімей аптекаря і доктора.
Новий аптекарський двір проіснував до пожежі 1712, але в останні десятиліття використовувався в основному як сховище. Саму ж аптеку, яка дістала назву "Головна", перевели на Червону площу - в нову будівлю у Воскресенських воріт Китай-міста. Головна аптека була цілим комплексом, що включав в себе крім власне
аптеки та аптекарські палату Аптекарського наказу, і аптекарський город, і архів, і медичну бібліотеку, яка налічувала сотні книг, довідників, "заморських фармакопеї" латинською, німецькою, польською, англійською та іншими мовами, а також "лечебники" і "травники" , складені самими аптекарями.
Ліки готували аптекарі і алхімісти за рецептами, переведеним на російську мову. В рецепт належало заносити прізвище лікаря, аптекаря і людини, яка отримувала ліки. А в якості тари для ліків використовувалися "муравчатие" (глазуровані) стопки "різних статей", які на замовлення аптеки тисячами виготовлялися в гжельский волості. Головна аптека була відома в Європі і вважалася, за відгуками знатних іноземців, однією з кращих за різноманітністю зілля, просторості, оздобленню і порядку.