Точкою офіційного відліку історії цивільної авіації Азербайджану вважається створення 2 червня 1938 р окремого азербайджанського авіазагону в складі Головного управління цивільного повітряного флоту СРСР (скорочене найменування - Аерофлот).
До цього часу в країні вже існувала мережа аеродромів, працювали аероклуби та школи, які готували військових і цивільних льотчиків.
У роки Великої Вітчизняної війни (1941-1945 рр.) Азербайджан став однією з баз для підготовки військових і цивільних пілотів, ремонту та відновлення авіаційної техніки. Бакинський аеропорт також зіграв важливу роль в повітряної зв'язку з союзними державами. 
У повоєнний час в республіці розгорнулося будівництво регіональних аеропортів, були знову відкриті регулярні рейси в Москву, Ашхабад, Харків, Махачкали, Астрахань, Сталінград і інші міста. До 1952 рік протяжність авіамаршрутів, які обслуговувало Азербайджанське управління цивільної авіації, склала 6550 км.
Від освоювали нові літаки льотчиків не відставали і пілоти вертольотів. Першими в світі пілоти Забратского авіапідприємства (Забратскій аеропорт був відкритий в середині 50-х рр. Минулого століття) стали здійснювати регулярні польоти на стаціонарні морські нафтовидобувні платформи. У 1960 р для обслуговування нафтовиків Каспію була відкрита вертолітний лінія Забрат - Нафтові Камені, що діє до сих пір.
У 1955 р в бакинському аеропорту з'явилися літаки Іл-14, Ан-2, Ан-10, Ту-104, Ту-114 і вертоліт Мі-1. Особливо азербайджанським пілотам сподобався один з перших в світі реактивних пасажирських літаків Ту-104, швидкість якого наближалася до 1000 км / год, а політ проходив на висоті 11500 м.
У 1970-1980 рр. вже в 11 районах Азербайджанської РСР, в тому числі в нафталаном, Ханкенді, Закатали і Балаканах, були побудовані злітно-посадочні смуги зі штучним покриттям для прийому реактивних літаків Як-40 . Сучасними засобами радіо- та освітлювальної техніки були оснащені аеропорти Баку і Кировабада (Гянджа). У ці роки на авіалініях використовувалися нові реактивні літаки Ту-134, Ту-154, Як-40 і вертольоти Мі-2 , Мі-8. Всі райони були пов'язані повітряним транспортом зі столицею республіки Баку; пасажиропотік всіх аеропортів країни наближався до мільйона чоловік.
Економічна ситуація, характерна для 80-х, а потім і розпад СРСР вкрай згубно позначилися на стані повітряного флоту Азербайджану. Тільки державна підтримка дозволила країні в лічені роки вийти на світовий рівень.
У серпні 1990 р аеропорту Баку присвоєно міжнародний статус.
28 квітня 1992 був створений державний концерн "Азербайджанські авіалінії" - найбільший авіаперевізник регіону. В цьому ж році в Баку з'явився Національний авіаційний центр зі статусом вищого навчального закладу, згодом перейменований в Національну академію авіації.
У квітні 1996 р було створено підприємство аеронавігаційного обслуговування "Азераеронавігація".
1999 року в бакинському аеропорту відкрився новий міжнародний термінал.
У 2001 р в республіці з'явилася авіакомпанія Silk Way Airlines, що спеціалізується на внутрішніх і міжнародних вантажних перевезеннях. У парку SW Airlines сім Іл-76TD, два Іл-76TD / PS90, три Ан-12ВК.
2003 року на вертодромі Забрат був відкритий аеровокзал авіаційної компанії Azal Helicopter, пізніше (в 2008 р) зареєстрований як юридична особа - OOO Silk Way Helicopter Services. Сьогодні флот оператора налічує кілька десятків гвинтокрилих машин різного призначення, в тому числі Sikorsky S-92, Airbus Helicopters AS332 L1, Super Puma, Eurocopter Dauphin EC155 B1, Leonardo Helicopters AW139 , Mи-171, Мі-8МТВ-1 і літаки Cessna 172S. 
У 2004 р після реконструкції введено в дію аеропорт Нахічевані. У 2006-2008 рр. в рамках Державної програми соціально-економічного розвитку регіонів Азербайджану реконструйовані аеропорти в Гянджі та Ленкорани, з нуля побудований аеропорт в Закатали. У 2011 р завершилося будівництво аеропорту Габалі, в 2013 р відкрито новий пасажирський зал аеропорту Євлах.
У 2005 р відбулося відкриття бакинського вантажного терміналу Baku Cargo Terminal.
У 2007 році був створений Silk Way Holding, який крім чотирьох авіакомпаній - SW Airlines, SW West Airlines (2012 р .; парк складається з п'яти Boeing 747-8F і п'яти Boeing 747-400F), SW Buisness Aviation і SW Helicopter Services - об'єднує фірми і організації, що надають різні послуги суб'єктам цивільної авіації Азербайджану та інших країн.
У 2012 р було завершено будівництво найбільшого в регіоні ангарного комплексу азербайджанського провайдера ТОіР Silk Way Technics.
У квітні 2014 р відкрито новий міжнародний термінал бакинського аеропорту.
У вересні 2017 р почав виконувати регулярні рейси лоукостер Buta Airways.
