Російська Церква була вже, починаючи з митрополита Іони (після Флорентійської унії), самостійної, хоча митрополити поставлялися раніше в Константинополі до кінця XV століття. У XVI столітті митрополити зводилися на престол за наполяганням великих князів, без благословення Константинопольського патріарха. З іншого боку, Російська Церква помагала східним Церквам і Афону. У 1586 році цар Федір Іоаннович зібрав в Москві Собор і було вирішено просити східних патріархів про дарування московському митрополитові титулу патріарха. Антіохійський патріарх Іоаким, який був на той час у Москві для збору пожертвувань, підтримав це клопотання, а через два роки в Москву прибув Константинопольський патріарх Ієремія. Йому було запропоновано стати Патріархом Московським і всієї Русі, але з умовою, що він буде жити у Володимирі. Останній не погодився і поставив в патріархи митрополита Іова 25 січня 1589 року. У грамоті, підписаній усіма східними патріархами, надісланої в Москву через два роки, патріарху Московському визначалося 5-е місце після патріарха Єрусалимського, і Російської Церкви давалося право обрання патріарха Собором російських єпископів.
Новгород, у свій час майже незалежний від Москви, в церковному відношенні був підпорядкований Московському патріарху. Доля новгородської кафедри була трагічна. У 1470 році останній архієпископ з новгородців, Феофіл, був заточений, і після нього архієпископи призначалися з Москви.
У зв'язку з піднесенням московської кафедри, було помножено кількість єпархій. У Казані була заснована архієпископія, а єпископи, які жили раніше в ханської ставки (Орді), переїхали в Москву в Крутіцах, де було влаштовано подвір'ї. І стали іменуватися Крутицький.
Принижена при Василі III і Івана IV Російська Церква в кінці XVI століття стала знову великої духовної силою завдяки установі патріаршества, і їй довелося на самому початку XVII століття стати об'єднуючим центром розпадається держави.
Після смерті патріарха Іова в 1605 році і короткочасного перебування на престолі грека Ігнатія, призначеного Лжедімітріем, на чолі Руської Церкви став святитель Гермоген. Московське царство переживало в ці роки страшної кризи. Династія Рюрика обірвалася в 1598 р в особі Федора Івановича, і на царство був обраний брат його дружини, цариці Ірини, боярин Борис Годунов. В останні роки його правління становище в країні було дуже важким. Кілька послідовних неврожайних років викликали страшний голод, з Польщі йшло військо Лжедимитрия, який видавав себе за сина царя Івана, царевича Димитрія, нібито врятувався від руки вбивць. Багато хто вважав його збіглим ченцем Григорієм Отрєп'євим. У поході брав участь король польський Сигизмунд III, ревний католик, який перейшов з лютеранства, який хотів завоювати Московське царство і ввести в ньому унію з Римом.
Незабаром після смерті Бориса (1605) і короткочасного правління його сина Феодора, Москвою опанував Лжедимитрий, який спочатку показав себе милостивим і терпимим. 1 травня 1606 в Москву прибула в супроводі 2000 поляків наречена Лжедимитрия, Марина Мнішек, поляки зайняли всі московські монастирі, вели себе господарями, і стало відомо про обіцянки, дані самозванцем татові і королю. Стався різкий переворот у ставленні до Лжедімітрію, і він був повалений і убитий.
Без земського собору і поза традиціями представниками станів, що залишилися в той час в Москві, царем був проголошений князь Василь Шуйський (1606-1610). З огляду на появу нового самозванця ( «тушинського злодія»), цар Василь урочисто переніс в Москву мощі вбитого царевича Димитрія.
У роки розвалу держави Православна Церква стала єдиним центром, до якого прагнули всі, кому була дорога Батьківщина і її традиції. На чолі цих сил став патріарх Гермоген. Він підбадьорював царя, вмовляв бояр, розсилав по містах грамоти, закликаючи всіх встати на захист країни. Його підтримували митрополит Казанський Єфрем і товариський архієпископ Феоктист, якого заколотники вбили під час взяття міста в 1608 році.
Після повалення царя Василя (1610), коли в Московському царстві наступила повна анархія, патріарх Гермоген знову підняв свій голос і висунув кандидатом в царі юного сина митрополита Філарета (Романова), Михайла. Він відкрито закликав до вигнання поляків і шведів, але оголосив, що, якщо польський королевич Владислав прийме православ'я, він благословить його на царство, заради порятунку країни, так як за нього варто боярство і багато дворяни.
У початку 1611 року представники міст прибули до Москви за отриманням вказівок від патріарха і зібрали перше народне ополчення, яке підійшло до Москви. Поляки в цей час зайняли Кремль, і патріарх виявився їхнім бранцем. Керівництво справою порятунку країни перейшло до Троїце-Сергієвій Лаврі, на чолі якої стояли архімандрит Діонісій і келар Авраамій (Паліцин).
Святий Сергій в баченні з'явився багатого купця і іменитому Нижегородцев, Кузьмі Мініну, і благословив його стати на захист вітчизни. Він і князь Дмитро Пожарський стали на чолі другого ополчення і з усіх боків зібрали до Москви війська.
На початку 1612 року, замучений голодом у в'язниці, помер святий патріарх Гермоген (пам'ять 17/2 березня). Для очолення Руської Церкви, зважаючи на неможливість вибору нового патріарха, «Рада всієї Руської землі», що зібрався в Ярославі влітку 1612 року, обрав митрополита ростовського Кирила, він же став тимчасово і главою держави. Пожарський очолив уряд, а Мінін став міністром фінансів.
22 жовтня Москва була звільнена від ворогів. Прийшов час для обрання царя. По всіх областях були розіслані виборні для опитування народу. Посланці повернулися зі звісткою, що народ з радістю визнає царем Михайла Романова. У Неділю Православ'я, тобто в першу неділю Великого посту, був останній Собор: кожен стан подало письмове думку, і всі ці думки знайдені подібними, всі стани вказували на Михайла Федоровича Романова. Тоді рязанський архієпископ Феодорит, Троїцький келар Авраамій Паліцин, Новоспасский архімандрит Йосиф і боярин Василь Петрович Морозов зійшли на Череповище і запитали народу, наполнявшего Червону площу, кого вони хочуть в царі? «Михайла Федоровича Романова» - була відповідь. Так 21 лютого 1613 р царем було обрано Михайла Федоровича Романова.
Наступник патріарха Гермогена був обраний тільки через 7 років, в 1619 році, так як більшість ієрархів вважали кандидатом митрополита Філарета, батька царя Михайла, але він знаходився в полоні у Польщі. 11 травня 1613 року митр. Кирило поклав царську корону на молодого царя в Успенському соборі.
Через юності царя державою правила черниця Марфа, яка принесла багато зла Росії. Кращі люди, як князь Пожарський і Мінін, були віддалені від справ, а знаменитий ігумен Троїце-Сергієвої Лаври Діонісій - звинувачений в єресі і ув'язнений. Троїце-Сергієвій Лаврі довелося ще раз в 1618 році пережити облогу військ королевича Владислава, який бажав оволодіти російською престолом.
Тільки з поверненням з польського полону митрополита Ростовського Філарета (1619) і з його обранням на патріарший престол для Російської Церкви настав період миру. Він звільнив із в'язниці ігумена Діонісія і доручив ченцям Троїце-Сергієвої Лаври підготовку реформ церковного життя і виправлення богослужбових книг. Більшість працівників, об'єднаних в Лаврі навколо Діонісія, були шанувальниками Максима Грека: вони видали його праці і відновили роботу з виправлення богослужбових книг, розпочату ігуменом Діонісієм ще до його ув'язнення. Патріарх Філарет зробив багато для поширення православ'я на Сході і сприяв переселенню селян до Сибіру, де були побудовані численні храми. Так як до самої своєї смерті в 1633 р по суті, він правил за свого сина, значення Церкви дуже піднялося. Патріарший двір був влаштований за зразком царського, і сам патріарх носив титул Великого Государя.
