Культ тварин був повсюдно поширений в Стародавньому Єгипті. Більшість богів зображувалися у вигляді або з головою якої-небудь тварини. До числа таких відноситься і повелитель води Себек. Себек зображувався у вигляді крокодила з короною або з головою крокодила на тілі людини. Культ крокодила процвітав в прибережних районах Нілу в основному в північній частині країни. Найбільша кількість храмів Себека зустрічається на південь від Фів.Храми бога-крокодила будувалися на берегах. Щорічно Себеку приносилися в жертву сотні молодих дівчат. Після скоєння жертвопринесення проводилися святкування, які були частково містичними. У тих випадках, якщо будь-якого людини з'їдав крокодил і його тіло знаходили в водах Нілу, то померлий ховався з великими почестями. Причому похорон здійснювалися виключно жерцями храмів Себека, іншим категорично заборонялося навіть доторкатися до нього, щоб не осквернити.
Крокодили в Стародавньому Єгипті містилися в чудових умовах. На тварин в знак великого пошани і поклоніння надягали прикраси з золота. За харчуванням крокодилів ретельно стежили жерці храмів Себека. Після смерті трупи крокодилів проходили процес муміфікації і потім їх ховали з великими почестями, про що свідчать численні розкопки. Печери, де знаходяться забальзамовані крокодили, щорічно привертають велику кількість туристів.
Культ крокодила досяг свого розквіту в епоху Середнього царства. У той час багато фараони в обов'язковому порядку включали в своє ім'я назва бога води Себека. Вважалося, що це значно збільшує їх силу і владу. Згадка крокодила дуже часто зустрічається в єгипетській міфології, зокрема, у відомому міфі про Осіріса. За легендами, Себек бився з темними силами, уособлює підземним богом Сетом, на стороні бога сонця променистого Ра. Себек вважався богом не тільки води, але і врожаю, родючості. Адже саме в періоди розливу Нілу на світ з'являлися нові крокодильчики. Зображення деяких частин тіла крокодилів зустрічається навіть в ієрогліфічних символах.
У міфах Себек зазвичай згадується в однині, тобто він не мав традиційно властивою іншим божествам тріади. В письмових джерелах зустрічається також згадка жіночого уособлення повелителя води - богині Себекет.
